立了唐王朱聿键以后，何腾蛟也奉隆武朝廷为正朔，而得到这样一位地方实力派大员的归顺，朱聿键当然也十分高兴，当即任命何滕蛟为湖广总督，驻于长沙，并下令湖南各府属钱粮俱解督府，等于是给了何腾蛟在湖南的财政军大权。并任命原武昌兵巡道堵胤锡出任湖广巡抚，驻于常德，并应何腾蛟所请，任命章旷为湖南道员、傅上瑞为偏沅巡抚，湖南诸将也皆封为总兵。
朱聿键被拥立上位之后，到是颇想有一番任为，希望何腾蛟能有守住湖南为西翼，并让郑芝龙出兵守住江西为中央，而在东翼又有商毅驻守在浙江，这样一来就可以保住南方的大部份地区，和清军抗衡，并图复国。
不过和郑芝龙、商毅相比，何腾蛟手头上实力就显得十分寒酸，所依仗的不过是一些原明留下来的散兵游勇。而何滕蛟也知道指望这一批人难见大事，因此也在湖南招兵入伍，操练人马。
这时被清军击败的大顺军余部也都陆续南逃，进入湖南、江西等地区。李自成在湖北通山九宫山一带遭遇到当地民团的袭击，己经身亡。而在李自成死前，手下最力的大将刘宗敏己死于清军之手。大顺军的一号、二号人物都相继战死，大顺军也陷入群龙无首、各自为政的混乱中，诸将之中，田见秀、牛金星