也对收复南京的战斗，充满了信心。
经过和统战部的商议，商毅在十一月一日向各路商家军的部队下令，第二军由太平州出发，沿长江进军，经江宁镇、大胜关向南京东面进军，驻扎莫愁湖以北，攻击石城、清凉、定淮三门；第一军甴建平出发，经由溧水、秣陵关，到南京南边的聚宝山驻扎，攻击聚宝、通济、正阳、朝阳四门；第七军暂时留驻宁国府，为总预备队，并且阻当南方的清军救援南京。第三军也从镇江出兵，到达南京东北玄武湖一带，攻击神策、太平二门。长江舰队将分为两路，分别策应第二军和第三军，从长江上下游向南京的金川门一带发动进攻。
这一次各路人马分别从水陆两路出击，对南京形成四面围攻之势，直接进攻的兵力就达到十三万左右，预备队还有二万七千多人，也就商家军成立以来，在一次战役中投入兵力最多，而且与清军进行最大规模的战斗。
自从南京失守之后，商毅就没有亲临第一线指挥作战的经历了，因为经过了几年战斗的历练之后，现在商家军各军指挥官都有十分丰富的临阵指挥经验，完全可以独当一面。而且现在的战争也分了好几个战场进行，商毅要对整个战局进行全盘考虑，也不能把精力都放在某一个战场上。因此坐镇杭州