京城的外围阵地也基本被扫清了。
就在第三天，商家军的第一、二、三军同时出击，开始向南京城墙发动进攻。
第一军进攻的南京南面的聚宝门，通济门、正阳门，第二军进攻西面的石城门和三山门，第三军攻击北边的神策门、太平门。三路人马一共集中了近十万的兵力，同时向南京的七座城门。对南京的攻势也全面展开。
多铎精心布置的南京城外围防线仅坚持了两天时间，就宣告基本土崩瓦解了，而且清军也损失了不少的兵力，多铎也不得不把神烈山的守军抽调回一半协助守城。这时在南京城里驻守的清军仅仅只有八万五千多人，除去临时征编的民兵之外，实际的兵力己不足七万。
明朝的南京城墙一共有十三个城门，虽然商家军只进攻其中的七个城门，但不等于其他城门都可以不设防，多铎在七个受到商家军进攻的城门分派了五千人驻守，而另六个没有受到攻击的城门也分派了二千人驻守，还剩余二万多人作为预备兵力，这样才算是免强把南京的城墙给守住。
不过甴于南京城墙本来就十分高厚坚固，这个时代的火炮几乎根本不可能催毁得了，而且城墙基本都是沿着秦淮外河修筑，也很难使用坑道爆破的方法来炸开，只能用最原