商毅首先下令，各军仍然按自己进攻南京的方位，撤离出南京城去，在南京的外城驻扎，并且救治伤员、补充修整，而在南京城，只留第一军的第一、七两个师驻守，维持城中的秩序。
然后对南京城中现存的百姓进行登记造籍，并指定地方集中居住，以便于管理，同时对百姓的口粮和生活需求物资，按户籍人口，统一调备供应。而多余的地方都要空出来，慢慢向南京移居人口。同时也要求百姓们尊守秩序，凡事有趁乱抢劫、偷盗窃取者，一率严惩。
这一条令当然也受到了百姓们的一致拥护，因为清军守城时，把百姓家里的粮食、银钱、布匹、盐等等物资全部都搜刮走了，就连家俱都收去了不少，可以说现在绝大多数的百姓家里都是空空如也，家徒四壁。因此商家军向百姓们提供生活的资资供应，正好可以解了百姓们的燃眉之急。
同时有军队在南京城中维持治安，一般的地痞无赖之徒也不敢胡乱生事，加上生活得到了保障，因此南京城中的秩序也速度的稳定下来。
接着商毅又下令到杭州，首先以督师府的名议通告整个南方，南京己经被商家军收复，并让叶瑶瑱立刻安排，调一部份行政人员到南京来，恢复南京完整的行政机构，同时还要
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