在张献忠死后，部将孙可望、刘文秀、艾能奇、冯双礼等不敢再向陕西进军，众人合兵之后，决定以孙可望为首，率军向南，在重庆府境内，受到明降将曾英部的阻击，经过了一番激战，孙可望等人军击败了淸军，并临阵斩杀了曾英。这时孙可望本打算继续率军进攻，夺取重庆做为川中的立足之地，但这时吴三桂己命大将高大节、王屏藩率军来增援重庆，因此孙可望等人也不敢在重庆停留，率军南下，向贵州方向转移， 后来退进了云南。
而吴三桂本来就打算在四川占地割据，在占领了成都和重庆这两个四川最重要的城市之后，也忙于稳固占领地区，设将守卫，招降大西军的余部，因此也没有去追赶孙可望等人。
这时张献忠的势力基本全部都退出了四川省，而吴三桂抢占了成都、重庆、潼川、夔州等川中地区，而尼堪率领的清军占领了川北地区，而在川南地区，还有不少明朝的残余势力。而四川的战事也暂时告一段落。吴三桂和尼堪各守各自的占领区，暂时也都相安无事，并向北京的清廷报告了四川的战事经过。
玄皇教过去在四川也进行过布置，虽然沒有南方这么深厚，但也有一定的基础，打听一些基本的消息和动向，还是做得到的，现在经过了明石姬的改造