区第六军的两个师也翻跃大别山，向河南的汝宁府发动进攻，因为这时清军在河南的驻守兵力集中在南阳一线，防备商家军从襄阳出击，因此在汝宁府的兵力不多，商家军连续攻取了光州、商山、信阳、罗山等淮河以南的地区，大约占汝宁府的一半左右。从而也完全控制了大别山区。
由于商家军出击得极时，清军对淮南地区的破坏并不算十分彻底，破坏的最严重的主要是安庆府、庐州府地区，而在靠近淮河的凤阳、淮安等地区还没来得极进行大规模的破坏，就因为商家军的杀到，而匆匆撤退，在有些地方，根本就沒有来得及动手就跑。
不过在安庆府和庐州府造成的破坏却十分严重，由其是治所在地的怀宁和合肥两城都被清军焚之一炉，几乎全毁，而城外的乡村镇县也遭受到大量的破坏，造成无家可归的难民，也达到六七十万之众。
虽然商家军出兵及时，并且带来了必要的粮食、帐蓬等生活物资，组织难民定居，统一安置难民的生活，并且规定难民尊守秩序，各安生业，不得趁机闹事做乱，否则绝不轻恕，不过由于近十年来这此地区的法纪松弛，社会动荡不安，因此人们的胆孑也大了不少，有少数不安寂寞的人借机闹事，干一些抢劫掠虏的事情，还有一些有野的人，