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协议首先规定，正式承认永历、永安、绍武这三个明藩朝廷的合法地位，互相并尊，如遇会议、会盟、签定协议，则以各朝廷皇帝的辈份、年龄来分列位次；各朝内部的内政自主，官员任命、岁赋役征，其他各方都不得干涉，；南京方面也承认奉立三个明藩朝廷为正朔，在公文来往方面，以臣属自居。而三个明藩朝廷也共用正式策封商毅为靖北王，将湖广、江西、浙江、南京四个地区确定为商毅的封地。
这一点是确定现在南方秩序的大原则，也是经过了最激烈的争吵，由其是永历朝廷，因为永历朝廷的皇帝朱由榔是祟祯、弘光两个皇帝的堂弟，从血缘来说算是最近的，因此一直都以正统自居，当然不甘心和其他二个朝廷并列，相比之下，永安、绍武两个朝廷因为血统较远，到是能够接受这个事实。结果以三比一的优势为压永历朝廷。
为此永历朝廷的代表还闹出了第一次退出。但南京方面对此也早有准备,通过私下的渠道，警告永历朝廷，一但为此而退出，那么等南京、永安、绍武三方达成一致之后，将联合出兵，同伐永历朝廷，后果很严重，自己看着办。结果永历朝廷的代表果然害怕了,也只能服软。
不过商毅表示仍然奉立这三个明藩朝廷为正