，入主福建之后，双方的蜜月期极为短暂，以苏观生为道的绍武朝廷执政大臣出于希望独占大权的私人目地，不断在绍武皇帝朱聿鐭面前攻击郑成功，称他拥兵自重、不尊朝廷，并要朱聿鐭警防尾大难掉。后来绍武朝廷在没有通知郑成功的情况下，就接纳了金声桓的归顺，为郑成功树立一个对立的军事力量，双方立刻就产生了对立的矛盾。
随后绍武朝廷又加入南方联盟，共同对付南京政府，而郑成功和商毅的关系密切，极力反对，也使双方的矛盾越来越深了。
虽然郑成功十分后悔，把绍武朝廷接到福建来，但现在木己成舟，无法挽回，他又不愿受人以柄，因此也只好采取消及应对的方式，平时的大部份时间都是在泉州驻守练兵、通商，很少去福州朝见朱聿鐭，也落个眼不见心不烦。这次出兵参加中原大战，也只向绍武朝廷知会了一声，然后也不管绍武朝廷同不同意，就自管出兵。
郑成功对绍武朝廷釆用敬而远之的对策，而绍武朝廷却是树欲静而风不止，在郑成功出兵之后，苏观生就立刻向朱聿鐭建议，趁郑成功不在，出兵攻取泉州、彰州，彻底清除郑氏在福建的势力。在众人的劝说之后，朱聿鐭也暗下密令，命金声桓出兵。
其实金声桓也是一个拥