缴获的战利品之后，张立东也下令将缴获的物资登记注册，然后分类封存，而俘虏也都分为官员士兵、奴仆、妇女幼儿几类监押，当然也并沒有为难他们。男人一天两餐饭，还能够保证不挨饿，由其是妇女幼儿，还可以得到一定的肉食和蔬茶。不过中华军对大员长官和其他军官这些身份都不感兴趣，统统都关在一起。然后又写信回南京报捷。
在十二月二十九日这一天，台湾收到了南京的回复，统战部都对张立东、沈寿崇、沈寿峣、沈寿岳等人在这一次战斗中的表现进行了赞扬，同时命令第七军和第四分舰驻扎澎湖列岛，随时准备听候命令，对福建、广东发动攻击。台湾旅和第三分舰仍然驻守台湾。
抓获的荷兰俘虏一率在台湾监押，暂时充当工役，等南京政府与荷兰东印度公司交涉有结果之后，再作处理。缴获的物资在台湾封存，作为台湾的厍存物资，金银随以后的税赋一起解往南京入府，枪支火炮火药匀拔给台湾的驻军使用。
同时內阁也下令到台湾，正式宣布台湾为省级行政区，仍然由沈寿崇出任省长，设台北、台中、彰化、台南、琉球五府，基隆、高雄、澎湖为州治，并以赤嵌城为基础，修建台南城，改热兰遮城为安平镇。并甴沈寿崇在组织台湾省的各级行政机