交换郑芝龙，当然是为了收服郑成功。商毅确实不希望和这位另一时空里的民族英雄为敌，因此也想尽了和平收服他的办法。从清廷解救出郑芝龙，就是被商毅寄于了厚望的一张亲情牌。
尽管在另一时空里，郑成功多次拒绝了郑芝龙替清廷的招降，并且在回复中语气十分严厉，在最后一次，甚致有“从来父教子忠，未闻教子腻。今吾父若有不测，吾父往见贝勒之时，已入谷中，其得全至今者，亦大幸也。万一吾父不幸，天也，命也，儿只有缟素复仇，以结忠孝两全之局耳。” 的语言，衍然是一付要与郑芝龙断绝父孑之情的意思。当然这一半是郑成功的真心话，另一半也是迫不得己，毕竟如果对清廷留露出还眷恋父孑之情，则对自己更为不利。
后来郑成功英年早逝，郑芝龙被清廷处死，郑成功心情悲痛，也被认为是一个重要的原因，因为郑芝龙死于顺治十八年（ 年）十月初三，而郑成功逝于次年五冃初一，前后仅相差半年多的时间。
而中华军的将士们对商毅的这一决定也并没有异议，因为在中原大战中，郑军和中华军一起并肩作战，虽然建树不多，但也确实发挥了一定的作用，并没有拖后腿。因此从清廷换回他的父亲和弟弟，大多数将士们也都能够理解