自然科目，确实都是于民生国计的有用之学，但毕竟受传统观念的影响，还是认为这些自然科目并非主流，只是傍枝，如果在科举中考这里内容，也未免有些不合适。
另外引入评分制，就容易造成偏科现像，毕竞全才难得，有人的文章做得一塌糊涂，但自然科目的分数却很高，而有人的文章做得才华横溢，但却因为自然科目不好而落榜，这些都未免都有失公平。
不过商毅提出开设经济特科这一点，王夫之到是颇觉新奇，但却认为十分有用，因为自隨唐以来，历代王朝都在中央设立了吏户礼兵刑工六部，分管全国的事务，商毅更是将其细分成十二个部门，而每一个部门都需要大量的专业人材，在明朝的时候，就曾闹过户部算错帐的笑话，因此仅仅依靠科举取士，很难满足各部门的专业需求。商毅建议开设经济特科，完全可以弥补这一缺陷，也确实能够人尽其材，物尽其用。
因此王夫之认为，不如把数学、物理、天文这些自然科目，都列入到经济特科里面去，而正式的科举，还是以应试作文为主，而文章的命题、内容可以按照商毅的意见，放开内容，针对时事。
但商毅则坚持认为，自然科学是任何学问的基础，本质上就是经世致用、匡时济民之学，虽