在情理之中，毕竟无论是在任何朝代，都不可能对军队不加以控制，同时也完全有必要对军队加以控制。而且商毅的做法，己经算很合理的。如宋、明两朝，不仅对军队控制得十分严励，而且还极力压制军队的社会地位，尽管这样确实是控制住了军队，但却是以牺牲军队的战斗力为代价。
不过相对于各地方驻军，对于中央设制的军事机构，商毅这一次并没进什么改动，依然还是由统战部付责一切。因为现在统战部的行政级别虽然是在内阁之下，但是受商毅直接管辖，而且全国毕竞还没有完全统一，因此暂时还没有必要对统战部进行大动。
而这时也发生了一个小插曲，罗远斌云南也发回来报告，中华军基本己经接管了云南地区，地方上的一切秩序也都基本恢复正常，而原来按照大西军投降的协议，甴大西军的旧部组编的军队也编组完成，孙可望、刘文秀、艾能奇三人也都各自挑选好了自己的士兵，并且也任命了各级军官。因此罗远斌也向统战部询话，这支新编的军队怎么处理。另外李定囯的任务也己经完成了，也请求返回南阳去驻守。
接报之后，商毅下令，正式将这支军队定番号为二十六军，军长孙可望、副军长刘文秀，参政长艾能奇，并将二十六军暂时划归淮南军