总部对这个分支教会一直没有好感。
另外耶稣会是天主教各分支教会中比较重视科学教育的，他们在欧洲兴办许多大学，培养出的学生除是耶稣会人才外，也活跃于政界与科学界，其中著名的科学家有笛卡儿、伽利略、达芬奇等人。在天主教内部以及其他新教都怀疑他们在建立某种秘密组织，有图谋不轨之心。因此在欧州的许多国家都不喜欢耶稣会，甚致驱逐耶稣会的传教士，迫使耶稣会只能向欧州以外的地方发展。
吕宋地区的传教最初是由奥古斯丁会主导，而奥古斯丁会才是天主教最主要的分支教会之一，现在要求把过去属于奥古斯丁会的传教区划分给耶稣会，当然会引起不少人的不满来。
因此在教庭内部有许多人都不同意耶稣会提出的要求，认为耶稣会应该退出吕宋，把它还给奥古斯丁会，甚致还有少数狂热份子人叫嚷对中国再发动一次十字军东征，以武力夺回吕宋。不过立刻被教皇英诺森十世所制止。
英诺森十世心里十分清楚，现在的天主教早己不在是当年那个在欧州一呼百应，可以兴风作浪的政教合一的教会，而且三十年战争之后，天主教的保护者，哈布斯堡王朝己经衰败，天主教己经被迫承认路德教、信义会、福音会、加尔文派等新教