分舰队司令官，但被郑成功挽言谢绝，而当时商毅也沒有想好怎样安置郑成功，只好将泉州还是留给郑成功，让他好安置旧部。
而听说访欧使团回来之后，郑芝龙、郑成功父子也都颇为感兴趣，因为在这个时代，郑氏父子是比较少的有海洋意识和海外战略目光的人，由其是郑芝龙，年轻的时候有相当一段时间都是在南洋诸国中往来穿梭，与荷兰、葡萄牙，西班牙等诸国人周旋来往，对海外世界也有相当的认识。
而且父子两人也都商量好了，不打算在帝国政府中为官，而是重操当年郑芝龙的旧业，做一个海上商人去，现在己将部下遣散了大半，剩下少数比较亲信还有数千人，而且根随他们父子时间比较长的人。父子两也打算在近期內找机会向商毅提及，只是新年之后，中华军开始向清廷发动最后的进攻，郑氏父子也不便在这个时候打扰商毅，于是就拖了下来。
现在清廷已经灭亡了，中华军也统一了全国，郑芝龙和郑成功父子也想再近期内上京面见商毅，正好又得知访欧使团带回来大量的欧州物品、以及欧州各国的使者，郑芝龙和郑成功父子也想着到南京来一面向商毅辞官，一面也可以了解一下欧州各国的情况，看看有什么商机，毕竟父子两人都有好几年没有俱体来管