本有多么危险，商毅要安排好后事，而是凡事都要防止万一，而商毅虽然有三个儿子，但商寰最年长，另两个还在吃奶，因此也只能立商寰为监国。
后宫的事情处理好之后，也就开始布置这次出征的兵力和战术。
经过了内阁、国防部、统战部的开会商议之后，也做出了决定，这次出征日本的陆军，将出动山东军区第九军、北京军区第十一军，海军将出动北洋舰队第一、第二分舰队。分为南北两路向曰本发动进攻。
南路将由山东军区第九军和北洋第一分舰队组成，从登州出发，在九州岛登陆，首先占领九州岛，作为这次中国进攻曰本的基地，随后进攻四国，对本州岛的中部形成危胁，而北路由北京军区第十一军和北洋第二分舰队组成，首先到达中国在朝鲜的军事基地釜山，并以釡山为后方，渡过对马海峡，直接在本州岛的西南部登陆，首先救援受徳川军进攻的长州藩，然后两路合击，由西南向东北发动进攻。
同时由北洋舰队的第三分舰队付责运送物资、保障后勤等工作事务。
而商毅御驾亲征，也从皇宫护卫军中抽调了一个师、一个旅做为商毅的护卫兵力，而海军部也调集了以一级战列舰岳飞号，和三级巡洋舰四艘、四级驱逐舰二艘