时也劝告商毅，如果日本的大局己经确定，还是请商毅尽早回国来主持大局，日本剩下的事情，可以交给成进负责。
其实内阁制度在明朝己经发展得十分完善了，明嘉靖、万历两朝都有二十年不上朝的时间，但依靠着內阁的自动运行，总体来说，国家也沒有出什么大乱子。而且现在又了国会决议，对內阁既是限制，也同样可以帮助内阁决议了许多事情，既然商毅不在国内，国家行政也依然能够完好的运行。只是皇帝总是不在家里，大臣们心里多少也有些沒底。而且现在国内也知道，日本确实大局已定了，因此也希望商毅早一点回国。
虽然说启动了战争的预案，商毅也并不担心南海的战事，但既然南海的战事在即，那么日本的事情也就不宜拖得太久，能够早一点解决，当然是早一点解决为，好腾出精力来关注南海的战场。因此徳川幕府决定投降，当然是再好也不过了，毕竟一打起仗来，那就不知道到底会拖多久了。而且战后的善后工作也十分麻烦。
因此商毅也立刻下令给成进，让他留下一部份人马在江户驻守，然后马上将德川家纲为首的徳川氏主要成员，以及幕府所有的大臣、大名都送到京都来，当然其中也包括丰臣薰的母亲德川千姬。同时又以天皇绍仁的名议，向