吃喝畅谈，再不提秘法之事，自此格鲁派与鞑靼交往愈渐密深，次年，明隆庆皇帝驾崩，子朱翊钧继位，是为明万历帝。六年后，俺答与索南嘉措于青海会见，互赠尊号，俺答尊奉索南嘉措为“金刚持达赖喇嘛”并赠以重达百两的金印一颗。索南嘉措回赠俺答汗“法王大梵天”称号，并学汉人习俗，自认为**三世，追认根敦朱巴为一世**，根敦嘉措为二世。世间从此有达赖喇嘛之称谓。
万历十五年，俺答汗病逝，索南嘉措亲至鞑靼主持了葬礼，次年赴京朝见万历皇帝时，因当年时轮劲逆转的内伤复发无治，死于途中。索南嘉措为人和善可亲，在生前与明廷官员的关系也一直保持得很好，一生为汉蒙藏三族的和平、为国家的安定统一作出了卓越的贡献。