其长官为“通政使”。
通政司历经在洪武、永乐、洪熙、宣德四朝，一直受到朝廷重视，然而好景不长，到了正统初年，英宗九岁即位，无法临朝理政，内阁“三杨”代帝秉政，明初发挥重要作用的常朝就此流于形式，终明一代未有改观，通政司的权力就此失去一大块。
到了后来，三杨虽然死了，可是依旧没人敢说恢复祖制，通政司彻底没落，通政使也成了九卿之中最为尴尬的存在。
通政司良好运行的前提是废丞相后，六部直接对皇帝负责的高度皇帝集权体制良好运行。洪武、永乐之后的列代帝王在工作能力和工作热情都日渐消退，与之伴随的，外廷文官集团中，内阁权力日渐增长，与其他衙门逐渐形成有实无名的统属关系。内廷宦官集团中，司礼监成为内官二十四衙门之首，在一定程度上代皇帝行使批红权，与内阁相互制衡。
通政司作为外廷中的一员，日渐受内阁摆布，天子喉舌成为权臣鹰犬，如嘉靖朝的通政使赵文华便认严嵩为义父，在严氏专权中起了重要作用。内廷中，更是出现了文书房这一机构，负责“职掌通政使司每日封进本章”，要将通政司呈上的奏章进行再分类，使通政司的工作变得可有可无。
内阁首辅大学士成