无论是马来人、达雅克人还是土著，都不是对手。有“龙腾号”军舰的配合，大军所过之处，鸡犬不留，所有的小国家都被灭掉。敢于抵抗的人，通通被杀死。投降的军人，则送给当地的华人当奴隶。
苏禄苏丹国也曾组织军队抵抗。但黑旗军密集的炮弹，落入苏丹军队的阵地当中。炮弹爆炸后，掀起一片腥风血雨。不少苏丹军人被四散的弹片收割了性命。黑旗军的士兵们也用步枪射杀敌人。虽然，黑旗军只有八百人，但是这些士兵在军舰配合下爆发出的强大战斗力，一点都不比两千荷兰兵逊色。因为武器火力差距巨大，那些敢于抵抗黑旗军的人就仿佛当地水田里被收割的稻子，一排排的倒在了地上。苏丹国的军队溃不成军，最后刘永福带着三百黑旗军就攻进了苏丹国的王宫，俘虏了苏丹国王，缴获了他的玉玺。
黑旗军攻进这些苏丹国的时候，被压迫很久的当地华人很多也加入了黑旗军。曾纪泽将他们编成了一支四千人的华人军团，很快就控制了婆罗洲东北部。生活在这里的苏禄贵族，要么投降，要么因反抗黑旗军的统治而被杀死，要么则逃离了这里。剩余的人，全部都沦为了奴隶，在华人监工的管理下，从事生产劳作。
曾纪泽还在苏丹国的一些城市，比如山打根，