队的南波博士也带人出现在了漩涡列岛。
龙野知道火箭队在漩涡列岛海底有一个秘密的研究基地，他们这一次行动的目标就是洛奇亚。
因为不想去招惹洛奇亚，所以龙野告诉零只是监视就好，如果火箭队的人对洛奇亚出手想办法救出洛奇亚，同时找机会得到大洛奇亚和小洛奇亚的基因样本。
零得到任务的第二天小智一行人就抵达了冲岛，在他们发现小洛奇亚的同时火箭队也展开了行动。
抓捕小洛奇亚引来大洛奇亚，南波博士的目的是以洛奇亚的力量为基础开发新的能源。在南波博士看来人类是被神选上的生物，人类以外的生物都是为了服务人类而存在的。
虽然南波博士的想法十分偏激，不过不得不说这位秃顶博士在研究方面有着惊人的天赋。合众地区电浆团里的那位阿克罗玛博士以后会展开控制小精灵的研究，然而南波博士提前三年的时间就已经进行相关的研究并取得成果了。
小洛奇亚被抓，愤怒的大洛奇亚让整个漩涡列岛的天空风云变色，让天地动容的能力让远远观察的零真正见识到了海之神的可怕。
小智一行人说服大洛奇亚并和它定下约定，他们潜入火箭队的基地准备救出小洛奇亚。