桔梗山战役木叶大胜，不仅将砂忍彻底赶出火之国，还在山上捉了许多俘虏，包括小部分砂忍以及大量风之国平民。
而砂忍退出火之国，也代表着两国的战争将以木叶的胜利做为结局，而带来这一切的是大蛇丸！
于是顺理成章的，大蛇丸的名望瞬间达到顶峰，当他带着俘虏回村，木叶无数平民夹道欢呼，万人空巷。
猿飞日斩站在火影楼的天台上，眺望着这一幕，眼中却有几分凝重以及迟疑。
和砂隐村的战争暂告一段落，所以他派去协助大蛇丸的暗部也已经提前一步回来。
从暗部嘴中，猿飞日斩察觉到了一些身处地底的黑暗身影。
根部！
猿飞日斩的思绪逐渐飘到了过去。
四十多年前，木叶建立没多久，号称忍界之神的初代火影千手柱间去世了，他死后，木叶失去木遁，在忍界地位一落千丈，没多久就爆发一战，二代火影也挂了，之后猿飞日斩继承三代火影。
为了尽快提升村子的实力，猿飞日斩同意团藏的要求，允许他以‘暗部培训部’的名义成立根部，之后，为了预防九尾暴走的威胁，猿飞日斩又和团藏一起利用初代的细胞做人体实验，企图培育出新