萄牙舰队已失去了继续和大明海军交战的勇气，因为战败的原因，同清军的私下协议也无法兑现，从而导致两人骑虎难下。
此外，十七艘武装商船的损失已让澳门的葡萄牙商人群起而攻之，原本在战前，澳门议事会就强烈反对介入这场战争，但在总督贾士度和安德拉德将军的强压下才勉强通过开战令。
澳门不同于新大陆和其他殖民地，澳门的情况比较特殊，自葡萄牙人从前明手里装可怜最终“骗取”澳门的居住权后，但澳门的治权是由前明地方政府和葡萄牙人共同管辖的，再加上澳门是一个发达的商业城市，最初的葡萄牙人都是商人，为了商业考虑，澳门的议事会基本也都是常驻澳门的商人所组成的，他们和大明政府之间进行的只是合作，甚至在许多情况下的决策偏向于大明，以取得对方在商业方面对葡萄牙商人的支持。
满清入关，击败南明后接管了南明在澳门的权利，所以至今澳门的政体和最初并未有太大区别。所以说澳门总督的权利从一开始并不像其他殖民地那样统揽军政，大部分权利都在议事会的手上。
对于这点，葡萄牙帝国上层极为不满，尤其是若昂五世即位后，对于澳门的统治权就开始了调整，在七八年前，在若昂五世的授意下就开始