接下来自然进入到半军管模式。
讲堂、藏书馆、运动场这些统统是没有的。临时用青石、木板、树枝、稻草搭建的宿舍和木板隔开的澡堂是凝斋书院唯二的建筑。就连食堂也是用石块堆积、上面放上大锅的简易行军灶，唯一不同的是里面烧的是柴火不是牛粪。
每天早上六点，低沉的牛角号便响彻主峰山下平地。随着三声战鼓一响，所有学子和“工匠”们全按各自方阵，在队率带领下汇聚到一个只有底座，没有雕像的平台下面，由昨日表现最好的小队队率，带头吟唱书院的校训：学以致用、知行合一！
“凝斋院风：天行健，君子以自强不息，正其谊、不谋其利，明其道、不计其功；地势坤，君子以厚德载物，修古好学、务得事务，每求真是”。其中厚德载物一词，乃是求是创新之意。
“当铭记至圣先师凝斋公遗训：人生自古谁无死，留取丹心照汗青。”这个世界虽有孔子，却没有董仲舒，自然也就没有了“千古第一家族”、“至圣先师”一家人。凝斋书院尊崇方鸣石为本院“至圣先师”，自然谁也挑不出理。
随后由各队队率依次率领各队，沿着修理平整好的小道，围着四座荒山跑步，距离长短是随着时间的推移逐步增加的