老福王朱常洵是神宗的第三子，惠王是第六子，桂王则是神宗第七子。而且福王朱由菘和崇祯同辈，由他登基可以援引兄终弟及继统，而惠王桂王都是崇祯的叔叔，则不是太合适。
所以一开始，史可法的心里是偏向福王朱由菘做皇帝的。而当时一些有识之士也都主张有朱由菘继统，比如淮安巡抚路振分，给史可法的信里就赞成福王继统。给事中李清、章正宸，进士郑元勋等也持同样的态度。
可是南京的大部分官员却反对福王登基，因为历史的原因，南京六部的官员大部分是从北京贬谪而来，大部分都是在崇祯朝失势的东林党人。比如兵部侍郎吕大器、户部尚书高鸿图、右都御史张慎言，詹事府詹事姜曰广等，而在籍的原礼部侍郎钱谦益则是东林党的党魁。
钱谦益两次从老家常熟赶往南京，面见史可法，强烈反对福王登基。原因是朱由菘的祖母是备受神宗宠爱的郑贵妃，神宗喜欢郑贵妃的儿子老福王朱常洵，多次打算废掉崇祯父亲光宗朱常洛的太子之位，改立老福王朱常洵为太子。
围绕着储君之争，东林党人和万历以及郑贵妃进行了多达几十年的争斗，“妖书”、“梃击”、“移宫”一系列的事件发生。经历了东林党人坚持不懈的斗争，神宗和郑贵