罪名向城内的士绅开了刀，已经有十多位官员被抓，南京的士绅受牵连的数十人之多。平南军和锦衣卫满城抓捕抄家，整个城内人心惶惶，民心沸腾，若是再不制止，局面将不可收拾！
看了史可法的奏折后，崇祯不发一言，只是下旨加快行军的步伐。
崇祯十七年五月二十日，崇祯进入南京，在兵部尚书史可法、大学士路振飞、平南侯陈越等人的陪同下，在孝陵祭拜，向太祖皇帝请罪。
在孝陵前，崇祯痛哭流涕，把满腹的委屈向太祖倾诉，并承认自己的过失，言辞之恳切语音之悲哀，让闻着为之叹息，一众随行大臣都流下泪水。
崇祯发誓，一定会振作精神，重整社稷，光复河山。
祭拜孝陵之后，在群臣的护卫下，崇祯进入了皇宫，于奉天殿登基，宣布正式迁都南京。崇祯本身就是皇帝，当然用不着再举行什么登基大典。
五月二十一日，崇祯下旨，南京城内四品以上官员于奉天殿议事，举行到达南京后的第一次大朝会。
是日，崇祯临朝，文武群臣分左右站立，三呼万岁之后，崇祯坐在龙椅上，看着下面众大臣，心情感慨之极，这是两个多月来的第一次朝会，可却不是在熟悉的北京，物非人亦非，令