暂时掌管舟山所有军队，吴平为副统领，掌管舟山水军。三千亲卫中大部分都是步兵骑兵，水营士兵只有千人，拥有二桅帆船两艘，单桅帆船二十多艘，大都是当初从天津南下时的海船。这些船只在近海行驶还行，排水量太小出不了远洋。
不过张程磊正和刘能寻找造船船场，陈越也让单明磊林福成想法购买现成的大型海船。未来的主要战场是海洋，必须要大量打造购买战船，原来的军队也要适应海船上生活战斗。
经过和王寅商议之后，陈越对舟山的布置是这样的：
杨正平和吴平为正副统领，分统步兵水兵。其中杨正平兼任战巡司主事，掌管征兵训练工作。总共就三千军队，陈越不再分水营步营，以后所有士兵都要适应船上生活。
三千军队暂编为三个营，分由吴平、李奕、金鑫为营正，陈默、萧冰、马闯为副。随着越来越多的船只，以后军队很快就会扩充，会征召沿海大量的渔民入伍，军队的编制很快还会改变。
钱枫林为国公府左长史，兼参谋司主事，主要负责岛上一应民务。
单明磊为国公府右长史，兼镇抚司主事，负责军纪赏罚的同时，还管理民事诉讼以及一应外务。
潘学忠为军械司主事，主