上文说道龙汉量劫之后，五方神兽已定。妙善也从洪荒北部无名之地潜修中醒来，便欲往洪荒之中一行。妙善再次进入洪荒，一路行来只见得冤魂哀嚎，无所安住。又有邪道之士暗中收敛冤魂，祭炼邪宝。
妙善慈悲为怀，大声念诵道门普度真经，欲要普度在量劫之中死去的亡魂。花费了百年之久，妙善才于不周山下普度完无量孤魂野鬼。又念到六道轮回未出，亡魂无法投胎转世，随即又将三十六颗定海神珠以及乾坤尺取出，借众生魂以及天地之力演化道门六界三十六天，安顿无量亡魂。
就在妙善又想到一功德之事时，天地震动，霞光弥漫。原来，一大批后世威名赫赫的大神通者出世了。女娲，伏羲，帝俊，东皇太一，十二位祖巫等等第二量劫的主角们纷纷出场，一时间众神出世如赶集一般。
妙善收起镜花水月之术，开始琢磨着在第二量劫中好好谋划一番。而妙善来不及思考以后的规划，因为眼前有一件大功德的事情需要妙善来做，便是梳理洪荒中部的地脉。原来三族大战时，麒麟一族沟通地脉布下戊土混元大阵，以求抵御龙族盘龙大阵。哪知两败俱伤，最终受损的是洪荒中部的地脉。就因为如此，洪荒中部地脉只是混乱，不像罗睺那个疯子直接断掉了西方