三十五年前，潜藏在人类社会中的神秘组织ZECT启动了假面骑士计划，从那个时候开始，数不清的人类科学家被神秘杀害，而通过拟态而取代了这些科学家的‘原虫NATIVE’便藉此作为筹码去开发假面骑士系统...
十八年前，作为当代知名科学家的日下部总一携带着他那怀有身孕的妻子与当时只有几岁的儿子日下部总司在东京公园游玩，在与日下部总司嬉戏的过程中，被埋伏一旁的‘原虫NATIVE’袭击，拟态成日下部夫妇的‘原虫NATIVE’就这样成为假面骑士系统的研究员。
十一年前，目睹一切的日下部总司被一位姓氏为‘天道’的老奶奶所收养，这一年，日下部总司正式改名为，天道总司...
七年前，东京涉谷发生‘涉谷陨石事件’，整个涉谷变成废墟，拟态日下部夫妇受到波及，被埋葬于涉谷废墟之中。
现在加贺美也成为Gatack了，风间、矢车、神代剑也基本答应跟他一起打最后一仗，自己也掌握了HyperForm，只差召唤自己的PerfectZecter——百虫剑。
天道总司得到HyperZecter的力量，藉此给予代表人类真正势力的假面骑士一方拥有能够真