忍界大陆，经过传说中的六道仙人创世之后，经历了一个欣欣向荣的和平时代。
但是，有人的地方就永远不会缺少争斗。自从六道仙人去世之后，六道仙人的两个儿子因陀罗和阿修罗因为理念的不和，和大儿子因陀罗对六道仙人指定弟弟阿修罗为继承人的不满，终于在六道仙人去世之后爆发了，发起了对阿修罗地位的挑战。然而让所有人都意想不到的是，因陀罗和阿修罗之间的战争，让这个忍界刚刚稳定没几十年的和平年代轰然的破碎。
此时已经是因陀罗和阿修罗时代过去了数百年，在这数百年的时间里，出现过很多名噪一时的忍者家族，也出现过很多的国家，但是却也消亡了更多的忍者家族和国家，然而在这个后世命名为战国的时代，名声最大的确实六道仙人两个儿子的后代所创建的家族。被誉为森之千手的千手一组和其旗鼓相当的团扇宇智波一族。而我们主角的故事就要从这两大家族中的宇智波开始。
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宇智波玄烨，一个平凡的宇智波青年，实力中忍之上，拥有双勾玉写轮眼。本有很好的发展空间，但是却在一次与千手一族的一个重要战役张，不幸受伤，被敌人的忍术给打落山崖，正好呗神代一族的大小姐上山采药时所救，神代一