穿好了衣服的小光，跟随着小丑皇和启人一起进入到了通向数码世界的大门，既然人类世界不安全，那么也只剩下数码世界了，略过进入的过程不提，两人一兽穿越了现实与虚拟的夹缝之后，所进入的地点便是曾经留姬与博和健太他们呆过的刮着狂风的峡谷，这里倒是跟动画中的没什么差别，依旧是一副荒凉的景象。
进入了其中的一间房子之后，启人立即将暴龙机中的基尔兽解放了出来，兴奋的基尔兽只顾着四处乱跑乱闹，看得出来是已经憋了很久了，任由基尔兽到处乱跑，启人倒也不阻止，拉着小光坐在了沙发上，开始将这个世界的故事告诉他。
准确来说，在数码死神这个真正的敌人出现以前，一切都还跟小光所知道的那个数码宝贝3的世界别无二致，而出现差别的地方就是从数码死神出现开始……
数码死神，不同于动画中那个需要靠着学习与思考来成长进化的人工智能，似乎从一开始就具备了超出人类常识的智慧，而且更加的心狠手辣，对于人类似乎还存在着深沉无比的怨恨。
当它第一次出现之时，整个数码世界和人类世界似乎都感受到一阵似有似无的波动，紧接着，古乐兽，这个进化概念的抽象实体，进化之神便成为了第一个牺牲