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巴西海军主要军舰停靠在圣保罗和里约热内卢两地，加西亚上将逃离里约热内卢的时候，利用海军士兵们对伊莎贝拉公主的效忠，拉拢了两艘铁甲舰在内的五艘大型军舰护送他们离开。
巴西海军总共拥有五艘铁甲舰，两艘排水量总吨位达到7800吨的主力战舰脱离编制，使得新成立的共和海军战斗力瞬间缩水一半。
海军是高技术兵种，巴西海军的中高层军官百分之八十以上出身上层阶级，因为佩德罗二世不合时宜的改革，大部分地主、贵族放弃了对他的支持，不过面对帝制统治的终结和政治权力遭受严重削弱的后果，约四成的海军官兵选择效忠帝国皇储，期望跟随伊莎贝拉公主打回里约热内卢，夺回中央政府控制权。
巴西共和政府掌控海军军舰的行动不像掌控陆军那般顺利，1879年8月21日，300余名海军官兵擅自离开军港，驾驶两艘中型护卫舰向北部海域驶去，8月23日，七名中层军官策划煽动海军士兵控制剩余的三艘铁甲舰投奔伊莎贝拉，结果被警觉的军港守备司令发现，及时制止了他们的行动。
海军人心浮动，主力军舰吨位流失近一半，中下层军官流失约七成，大踏步接收中部、南部各地区军事控制权的共