、运行高效的战时、非战时军队管理体系，保证军队的发展不脱离皇帝和政府的控制。
按照中央政府下发的初步职能重组文件，海军部下辖:战史司、舰队事务司、舰艇建造总监、航道管理与测绘司、内部审计司、海军教育总监，一共四司两总监六个一级职能部门，负责海军相关的日常行政管理、教育、人事、武器采购、舰艇建造与招标等事务。
而与海军部并列的海军参谋部则下辖
军务司、作战司、情报司、通信司、作训司五大部门，
军务司负责庶务、军务管理，作战司负责舰队编制、作战计划的制定与实行、军纪节制等事务，是海军参谋总部的核心部门，
情报司负责军事情报搜集，作战海域航道、天气等情况侦查，战史与外国情报翻译。
通信和作训司分别负责舰队与本土、海军基地的联系，以及海军舰艇人员、后备人员的训练与选拔等事务。
海军参谋本部与海军部的设立，即意味着两部主官军事权力的缩小，同时职能再次细分与完善后，无论是海军部还是海军参谋本部的行政地位都得到大幅度的提高，
在原有的总参谋部制度下，虽然海军和陆军并列为总参谋部的下属单位，