朝中仍有不少反对的声音，一些大臣主张将兵事重点、放在蒙古方向，不应该四面开战；但大明此时的皇帝，仍然有乾坤独断的大权。
诏书也颁布了，其中指责了日本国室町殿，二十大新旧罪状。包括包庇倭寇劫掠军民、非法扣留大明使节、无故屠|杀大明水师官兵、欺君、谋|刺太祖等。
同时朝廷派遣了使节、前往朝鲜国汉城，下旨朝鲜国国王李芳远：最迟应在武德三年四月初一之前，于釜山镇囤积两万大军三月粮草之需。并于七月一日之前，继续调运另外的三月之粮。而大明朝廷将会以赏赐礼物的方式，回报朝鲜国王。兵部、户部都派了官员去朝鲜国，监督此事切实执行。
接着兵部下达了军令，部署水师舰队，应于武德二年底之前、攻占壹岐岛，并在港口修筑棱堡、仓库。
太监王景弘下西洋的海船舰队回京之后，目前在太仓刘家港、龙江港已经聚拢了大明朝已有的主力舰队。朝廷预计征日的水陆主力，将于明年三月初启航。
诸臣多次总结元军征日的失败原因，选定三月初出发，一则因为季风有利航行，二则因为三四月的日本国西海岸，很少出现台风。
大明朝廷在粮草补给方面，联合朝鲜国负责粮秣辎重，也