彻底的覆灭了。
覆灭的原因，还是文官监军的瞎指挥，结果戚家军的结局是悲哀的。
真正由戚继光招募、由戚继光亲自训练、由戚继光亲自带领的所谓‘戚家军’竟是被一位大明的巡御史以‘哗变、谋反’的名义给灭了。
原来自戚继光本人被调走以后，就有些人看戚家军不顺眼。但因为曾经的赫赫威名，还不敢太过明目张胆。之后在万历朝鲜战争中，戚家军余部由吴惟忠带领跟随李如松入朝。在围攻平壤的战斗中，李如松为鼓舞士气就说，第一个攻上平壤城头的赏银五千两。据朝鲜方面和一些相关人员的记载表明，是吴惟忠率领的戚家军最先攻上城头的。但如此大功，李如松竟然视而不见，硬是给了别人。
而在这个时候，李如松刻意克扣戚家军军饷，更引起戚家军不满。
戚家军在朝鲜平倭战争后，被调回。路过石门的时候，众人皆因想要增加月饷而鼓噪。当时的蓟镇总兵，将他们引诱到演武场，以镇压戚家军反叛的名义，当时击杀数百人。
朝臣都不相信戚家军会反，所以就派了一个叫马文卿的巡关御史去调查。可能正好他跟王保有关系，就故意偏袒王保。经过他的一番调查，竟然被他查到了关于戚家军大逆不道