8年被逐出亚历山大里亚后，在埃及与叙利亚边界一带聚集军队，准备攻入埃及。在其父亲安排下，克利奥帕特拉按照习俗于她的异母弟弟（后来的克罗狄斯·托勒密十三世）结为夫妇，并由他们二人共同掌权。野心极大的克利奥帕特拉想进一步获得更大的权利，但是当时两位大臣波希纽斯和奥克奇维安联合起来对付她，将她赶到叙利亚，她在那里筹集军队，准备以武力争夺埃及王位。
此时，盖乌斯·尤利乌斯·恺撒追击庞培到了埃及，克罗狄斯·托勒密十三世的手下伯狄诺斯将庞培杀害，把他的头颅献给了盖乌斯·尤利乌斯·恺撒，以此来讨他的欢心，想利用恺撒来除去他的姐姐克利奥帕特拉。但是这一举动并没有让他获得恺撒的好感。而克利奥帕特拉也想借此机会利用恺撒助她夺得王位，就命自己的属下装扮成一个商人，将自己包裹在一床大毯子中，商人到恺撒住处求见恺撒时，她就从毯子里面出来，与恺撒见了面。那时克利奥帕特拉正处妙龄，美艳惊人，她利用自己的美貌和智慧，把恺撒给迷住了，恺撒就下令执行克利奥帕特拉的父亲的遗嘱，由克利奥帕特拉和克罗狄斯·托勒密十三世一起执政。
随后，波希纽斯发动叛乱，叛乱失败后被杀，克罗狄斯·托勒密十三世在逃亡的