控制和管理东北和西北边疆，他直接把都城迁到了国防前线，定北平为国都。此后他御驾亲征，五征蒙古，真正应了那句话:“敢犯我强汉者，虽远必诛！”
明成祖以后，明朝无论是遇到多大压力，既没有屈膝投降，也没有割地赔款。即使到了明朝末期处于内忧外患的境地，依然兵分两路顽强对付满清和李自成，对关外的国土自始至终没有放弃“辽可复”的愿望。
从明英宗到崇祯帝的几次北京保卫战中，明朝更是坚定，兵临城下仍然宁死不迁都，是中华上下五千年历史上唯一一个朝代真正做到了天子守国门，君王死社稷。
可以说明朝是中国历史上最有骨气的王朝，纵观整个大明，无汉朝时的和亲，无大宋和满清时的赔款、称臣、割地。
明朝迁都后还保留南京的朝廷建制，作为陪都，和京师一样，设六部、都察院、通政司、五军都督府、翰林院、国子监等机构，官员的级别也和京师相同。北京所在为顺天府，南京所在为应天府，合称二京府。
虽然南京六部的官员和京师等同，但大都是没有实际职权，是供大臣养老的职位，很多大臣被贬职或者受排挤就会被安排到南京任职。
南京不设布政司、按察司、都指挥司三司