但是阮大铖不想玩了人家东林党不干，在崇祯八年流寇进入安徽后，阮大铖跑到南京避难。当时复社中一些青年文人如侯方域、顾杲、杨廷枢、黄宗羲等憎恶其为人，用留都事件又把阮大铖赶跑了。这次阮大铖十分狼狈，在南京的家被烧了，他自己的胡子都被烧光，要不是年纪还可以腿脚利落，早已经烧死在火堆里。
复社所作所为确实有些过分，让阮大铖面子里子都没了，所以阮大铖心中十分憎恨侯方域等人，发誓将来一定要他好看。
就在这个时候马士英一封书信送到阮大铖手中，马士英这封信写的很诚恳，说当年阮大铖你帮助我当了总督，现在兄弟发达了当了首辅，老弟没什么事情来南京给兄弟当个帮手吧。
阮大铖也是混迹官场的老油条，一看就知道马士英必定在南京碰到了难处，这才需要自己出马帮忙。阮大铖等这个机会已经等了十五年，接到马士英的信后根本没犹豫，马上带着全家老小来到南京。
马铖听马士英讲完阮大铖的曲折经历后问道：“爹，儿子并不认得阮大铖，今天为何非要见儿子呢？”
马士英也不知道阮大铖为何要见自己二儿子：“为父也不知道为什么，反正不是外人，你也跟着去吧！”