擅自杀死朝廷命官，李祐不得不起兵造反，但他手下的齐府兵曹杜行敏拒绝造反，还带兵围攻李祐住地。
三月十日，杜行敏生擒李祐，将他囚禁在馆驿东厢。随后李祐被押送长安，赐死于内侍省。李祐的生母阴德妃受到牵连，被降级为嫔，不久上吊自尽了。兵曹杜行敏升任巴州刺史。
刑部在审问齐王李祐谋逆案时，发现牵连到纥干承基，于是将纥干承基关押到大理狱，论罪当死。四月一日，纥干承基上变，告发太子李承乾谋反。
李世民敕令长孙无忌、房玄龄、萧瑀、李勣与大理、中书、门下共同参鞫此案，查得谋反属实。
李世民问左右侍臣：“将如何处置李承乾？”群臣莫敢对，通事舍人来济打破了尴尬，进言说：“陛下不失为慈父，太子得尽天年，则善！”
经过君臣商议，诏废李承乾为庶人，幽禁于右领军府。赐汉王李元昌自尽于家，侯君集、杜荷、李安俨、赵节等参与谋反的大臣都伏诛。
李承乾得罪以后，魏王李泰和晋王李治都没有闲着。
李泰每日入宫侍奉阿耶，大献殷勤，阿耶很高兴，朝臣岑文本、刘洎趁机劝立魏王为太子，长孙无忌却请立晋王。
李治自从纳妃以后