禧太后以阴谋使得戊戌变法失败，再度大权独揽。此后，慈禧太后因不喜欢珍妃而把珍妃禁闭在景棋阁后面的小院里。
禁闭珍妃的冷宫在皇宫东北角花园的一个小院里，完全与外人隔绝，吃喝拉撒都在太监监视之下，珍妃一天天消瘦下去了。她姐姐瑾妃有时偷偷送几件衣服或捎几句话，珍妃才感到有点温暖。
1900年八国联军打入北京，慈禧太后挟持也曾被单独软禁的光绪皇帝逃往西安，临行前不忘对珍妃下毒手。她命二总管把珍妃从景祺阁后面的小院里放出来，以“珍妃年少，洋人入城，免受污辱”为由，命珍妃投井。二总管来到小院，向珍妃传下了慈禧太后的旨意。 珍妃不服，到慈禧太后那里哭闹。
慈禧太后恼羞成怒直接下令把珍妃扔进井里，几个太监把珍妃夹在腰间来到八宝琉璃井。珍妃死死抓住玉石栏杆不松手，没办法，太监只好把她架到秃井边，使足力气，头朝下扔了下去，崔玉贵怕珍妃上来，又找了块石头扔了下去。办完珍妃的事，慈禧太后出了贞顺门，奔了西安。
珍妃死后，尸体在井里泡了一年多，直到第二年，辛丑回銮后，慈禧太后未免理亏，将珍妃死因归结于崔玉贵逞能将珍妃推进井里，自己只不过当时在气头上。并命人将珍妃尸