贵独掌京营，京军三大营全是掌握在一干勋贵武臣之手。
土木之变后的一段时间，由于勋贵势力大减，文官开始渗透京营，创办十二团营，取代江河日下的三大营成为京营主力，此时以于谦为代表的文官集团掌握着大部分京营实权。
再后来于谦被害，京营就变成内廷说了算，尤其是宪宗朝，御马监太监提督十二团营，威风八面。
又往后的武宗正德帝，虽然也是个宠信宦官的主，但由于他这个人自己好兵事，甚至抽调九边精锐入京，立为“外四家”，所以实际上变成了皇帝亲自掌握京营，但是这样制度上就麻烦了，所以那段时期比较混乱，京营令出多门，狗屁倒灶的事多得一塌糊涂。
世宗嘉靖对于京营还是比较关心的，一直想要寻找一种长效机制，但是无法推持下去。嘉靖六年，明廷始设文臣专督京营军务。当时经廷臣的会推，李承勋被任命为兵部尚书兼都察院左都御史，加太子少保提督团营军务，成为专责提督京营的第一任文官。但是不久停罢，仍恢复此前文官兼职的做法。
嘉靖二十年，刘天和也曾以兵部尚书提督团营军务，专理京营戎政，但是为时不及一年，提督团营军务再次成为兵部兼职。
嘉靖中后期，文