渐固化的阶层占据，此制度因此就从根本上遭到了破坏。
正统十年，边防大将蒋贵上疏：“大同、宣府诸塞下，腴田无虑数十万，悉为豪右所占”，连大同、宣府这等军事重镇之中军田，被占据的现象都如此严重，其他地区可想而知只能更甚。
果然，十余年后，形势非但未曾有所改善，反而进一步恶化。正统二十二年，“黄绂出见士卒妻衣不蔽体，叹曰：‘健儿家贫至是，何面目临其上’？”
作为保家卫国的军人，竟然到了妻子衣不蔽体的地步，可见明中期军士地位何其低下，生活何其艰辛。
明中期“海内燕安”，各地边军闲来无事，于是朝廷频繁调动各地外戍兵卒入京驻防，谁知踏入京城的大明将士却发现，自己成为了朝廷各衙门以及勋贵们的奴隶苦工，什么事都要他们去办，尤其是各种工程，不去雇佣工匠，偏让军兵去做。
因此，士卒都不愿到京轮防，而常常耽误期限，朝廷却仍然不恤军情的对其重罚，轻者前往边塞罚班数月，重者长达年余。在这种极端严苛的军事制度下，军人的地位跌至低谷，因此士卒的大量逃亡乃至兵变，便不可避免的在各地卫所相继发生。
弘治年间，明孝宗朱祐樘意识到国家正步入