时在阴阳轮回神树的正上方一颗幽兰色的珠子凭空出现，这颗珠子正是水灵珠。
随着这颗珠子的出现，数尺宽的瀑布再次从水灵珠流出，最后撒落到阴阳轮回神树上，之后没过多久，云霄的圣灵空间内随着阴阳轮回神树不断的长高，在这株神树的主干变成了黑白两色。并且两座宫殿出现五条枝杈交汇的主干上，其中一座宫殿正是生命之神女娲娘娘的神殿，另一座神殿名为太极神殿。
女娲神殿和太极神殿出现没多久，整个圣灵空间发生了翻天覆地的变化，原本东南西北四个方向的界桥全部在同一时间消失，而阴阳轮回神树这时候第二层的主杈完全展开，同样这第二层依旧有五条主杈，其中一条主杈的中心最大的叶片上一颗金色圣石出现了，而炼魔塔则出现在这条主杈的尽头，通往魔界的界桥被一个关闭的空间漩涡取代了。
阴阳轮回神树越长越高。整个圣灵空间都被融入到这株神树之上。每一层主杈上的每一枚碧玉般的叶片上，除了已经出现的迷你型宫殿，圣石，炼魔塔之外。全部都有一个关闭的漩涡状的气团出现。
当阴阳轮回神树展开了第三层主杈后，水灵珠内流出的瀑布消失了，而阴阳轮回神树也已经成为高达数百丈的巨树，同时还有有整整十四层主杈尚