管军，下马官民。三公下面设有九卿，具体办理朝廷事务。到了孝武皇帝朝，因四次大规模对匈奴用兵，所以设置大将军位，位同三公，不过权利却在三公之上，皇帝之下。
到了光武皇帝重建大汉，史称后汉或是东汉，也是以三公为长，不过三公在东汉是虚职，荣誉头衔，并不管束具体事宜，九卿极其原来属官与西汉基本相同。
东汉朝廷真正的权利机构为尚书台，尚书令掌握着实际的权利，不过从章帝以后，皇权受到外戚和士人的威胁，导致皇权衰微，后来皇帝就借助本不该登上权力机构的宦官集团成功的击败了外戚和士人集团，夺回了至高无上的权利，所以宦官就成为皇帝最信任的人，皇帝与尚书台中间传递消息的人就是宦官，后来到了桓帝、灵帝朝，宦官就是掌握实际权力的人，说他们权势滔天都不为过。
至于地方机构，从孝武皇帝酎金夺爵后，以郡守或是国相为尊，州刺史为检查机构，不过刺史对郡守、国相有直接罢黜的权利，所以到了东汉末期，州刺史相当于一州的长官，至于州牧那是灵帝朝后期才出来的，州牧的权利巨大，掌管一州的所有军政要务。
郡国下辖诸多个县，县治万户以下县官为长，万户以上为令，县长秩六百石，县令秩千石。