缺乏水师,也没有海战人才,对于据守厦门、金门和澎湖各岛的郑芝龙,黄石只能望洋兴叹。无奈之下,黄石与张伟秘密会面,道出了自己背后还有穿越集团后援之事,试图与张伟缔结军事同盟。但黄石的海上力量一时难以成形——尽管他已经在努力造船了,台湾土豪张伟拥有的战船也不多,而且对黄石的节操很有疑虑,福建战局依然僵持,黄石虽然在陆地上战无不胜,但终究无法剿灭郑芝龙为首的海上集团。接着,八月二十二日,天启皇帝朱由校驾崩。十一月初六日,魏忠贤在阜城上吊自尽。黄石的政治靠山垮台,东林党迅速占据朝堂,开始清算阉党余孽。虽有孙承宗等人力保,但黄石还是不幸沦为打击对象之列。陈新依靠大骂阉党起家,名声鹊起,得文登营之基业,同时开始打探黄石这个历史上不存在的名将的底细。
崇祯元年（62年）上半年,以“师劳无功”、“依附阉党”等罪名,黄石被降为福建北路副总兵,随即又贬为参将,甚至差一点被处决,亏得有孙承宗和一于士林拥趸说好话,这才没有落到更糟糕的处境。
可之前向山东商人借贷的大笔军费（平蛮大借款）难以偿还,福建官府拒绝垫付,痛打落水狗的地方官甚至克扣此前福建沿海战事消耗的军费,也不发放闽南作战胜利