闻香教众，貌似兵多将广，号称五十万大军，实际则只有十余万人，其中真正能战的精兵老卒，更是仅有不过万余人。而更加要命的是，由于老巢被攻占，家眷积蓄全部落入敌手的缘故，这支反攻部队的军心异常散乱、士气更是低迷到了极点，一路逃散士卒甚多。
六月二十五日，闻香教主力与八旗兵相遇，两军遂大战于清江浦。结果，在清江浦的战场上，闻香教众充分显示出了他们身为乌合之众的本质，几乎从战役初期就陷入了指挥失灵的状态，接下来更是相继溃逃、一败涂地，最终被皇太极杀得土崩瓦解、血流漂杵。甚至连教主王可本人都成了八旗兵的俘虏。
与此同时，多尔衮率领的八旗偏师，也从河南归德府杀入凤阳，轻易歼灭了闻香教的另一支主力兵团。
再接下来，凭着徐州、清江浦和凤阳三场大战全胜的赫赫声威，各地残余的闻香教势力，全都被八旗铁骑给吓得魂飞魄散。在得到了闻香教主王可被俘投诚后写下的招降信，有了一个体面的台阶可下之后，便争先恐后地向皇太极倒戈投降。原本被闻香教盘踞的两淮二十余县，竟在半个月内不战而下。
但也有少量闻香教众不肯投降，而是拥戴前教主徐鸿儒的幼女“圣姑”徐馨儿为主，纠集数千残党继续