因为这里面不仅有魏国公等南京勋贵临时发动起来的许多乌合之众比较能打的精锐家丁家将，毕竟只是少数，还有在芜湖之战收容的原南京朝廷两万降兵，其战斗力和忠诚心都十分堪忧。也就是说，六万明军里面有将近一半都是凑数的。
即使是剩下的三万多明军里面，也并非全都是能上阵的战兵，而是把苦力杂役什么的都算了进去。
另一边，皇太极虽然最初只有六千人，但里面却有五千人是打惯了苦战硬仗的八旗精锐。而且，他的后续部队还在不断从东边的镇江渡口赶过来增援。除此之外，皇太极还抢在崇祯皇帝派兵进城之前，就提前一步控制了南京皇城，这座矗立在南京市区内的城中之城，从而在一定程度上抢到了战场的地利。
但尽管如此，明军的兵力优势依然很明显。而且，无论是江南水乡的水稻田，还是金陵都会的狭窄街巷，都是极度不适合北方骑兵驰骋的地方，甚至连复杂一点的步兵方阵都排不出来，只能像市井流氓一样乱糟糟地斗殴。习惯于野战破敌、铁骑驰骋的清军，显然不怎么适应这样低技术含量的战斗。
为了激励士气，崇祯皇帝在正阳门上竖起黄罗伞盖，亲自持锤擂鼓，激励将士奋勇杀敌。主帅卢象升则在南京地区历史悠久的军事要塞石