军旗暂且不提，即使是满洲八旗里面，也有很多辽东汉人先后改籍加入。比如袁崇焕的后代子孙，到了清末已经是铁杆的旗人了，还当上了黑龙江将军。）
为了在平衡各旗势力的同时，又尽量做到赏罚分明，皇太极允许济尔哈朗的镶蓝旗扩充到三十三个牛录，而他直属的两黄旗却只有每旗二十五个牛录，不过皇太极长子豪格的正蓝旗，倒是增加到了四十二个牛录，其中旗主豪格独掌二十八个牛录，以此来确保皇太极嫡系力量的相对优势。
大将阿巴泰在南京血战之中身先士卒，负了重伤，理应重赏，故而下辖牛录增加到九个，就连他的两个儿子也各分到了一个牛录，而且均被升为贝子。原本听命于大贝勒代善的两红旗，在之前的一系列剧变之中损失惨重，这回正好可以全面重建，恢复原来的满编建制。还有一度几乎溃灭的汉军旗，也被皇太极着手恢复起来，暂时由最忠心的铁杆汉奸，抚顺降将李永芳担任旗主。
虽然补入各旗的新人，还要很长一段时间的磨合，才能比较好地发挥战斗力，但至少军心是完全稳固了。这样一番折腾下来，不仅渡江参战的两黄、两红、两蓝六个旗，因为得到了江南的肥沃田土、奢华宅邸、奴仆佳丽，都变得对皇太极死心塌地。就连滞留江北、居心