料招抚谈判未成，关宁军就已倒戈献关，引八旗鞑子攻入北京，大明朝廷就此崩灭。身在登州进行谈判的徐光启，一时间不由得万念俱灰，索性通过登州镇的关系弄了条海船，径自回上海老家去了。到了上海老家之后，徐光启才愕然发现，他的好学生兼同乡和教友孙元化，已经在上海等着他了在被登州镇叛军打败之后，登莱巡抚孙元化畏惧朝廷责罚，没敢回北京，就直接乘船南下逃到上海老家了。
回到上海老家之后，徐光启原本已是一心隐居养老，除了念圣经之外，便基本不问世事。虽然南京的东林党朝廷，在拥立了永和帝朱以海之后，曾经派人来上海征辟他再次出仕，也被徐光启以年老体衰为由推辞了。而他那位同样信教的学生孙元化，在逃到上海之后基本也是如此做派。
然而在眼下这等烽火乱世之中，江南也同样并非安乐之土，随着“澳洲髡贼”、崇祯先帝和大清八旗的相继进犯，江南鱼米之乡战乱四起，南京小朝廷土崩瓦解。而清军的跑马圈地和捉人为奴政策，尤其是空前惨烈的苏州屠城，更是搞得江南各府一片腥风血雨，鬼哭狼嚎。
在毁灭的危机面前，徐光启不得不拖着老迈之躯站出来，利用他的崇高声望和家族势力，和他的学生孙元化一起联合地方缙绅名流，