诸侯割据，各成体系，汗庭权威有限，但依靠藏传佛教的信仰和传承自成吉思汗时代的祖宗法统，依然勉强保持着统一的外表。然而，在林丹汗的“宗教改革”之下，之前还能勉强凑合的蒙古汗国，很快就被他玩得彻底分裂崩溃了！
藏传佛教之中，有黄、红、白、花等多种流派。在林丹汗刚刚即位的时候，蒙古草原上盛行的是黄♂教，而林丹汗最初也是黄♂教信徒。但在他二十六岁的那一年，从青藏高原上来了一个红教活佛，在面见林丹汗后施展了法术，使得年轻的林丹汗深为折服，封他为国师，并接受灌顶，从此改信了红教。接下来，林丹汗更是挥霍巨资，大修红教寺院，企图将红教变成整个蒙古草原的国教！
众所周知，宗教改革都是要流血的。结果就跟同一时期的欧洲三十年战争一样，蒙古草原上同样爆发了激烈的宗教战争，信奉红教的汗庭和信奉黄♂教的各部彻底撕裂，兴起于辽东的努尔哈赤趁机插手，很快就使得科尔沁和喀尔喀部落相继倒戈，连直属于林丹汗的察哈尔部都爆发了叛乱，一时间仿佛败亡在即。
一败再败之下，心惊胆战的林丹汗再也不敢跟女真人争锋，下令丢弃祖宗故地，率部西迁到河套地区，躲避女真铁骑的进犯。蒙古各部对此甚为失望，纷纷叛