高射炮兵的防空作战和日本陆军飞行队的紧急起飞迎击，均因此受到严重干扰。更重要的是，弥漫全城的毒气，阻碍了东京市区内日本高层统治者可能的紧急逃离，为接下来的核爆斩首行动创造了有利条件。
日本东京时间上午十点三十分，继高空轰炸和毒气袭击之后，在东京日本防空部队火力已经大为减弱的情况下，两架运载原子弹的b-29“超级空中堡垒”轰炸机相继飞临东京上空，并且成功投弹和引爆。
其中，一枚原子弹投掷失误，命中东京台场，仅造成大量普通军民死伤。另一枚核弹则成功直击皇宫、海军省、陆军参谋本部等要害部门云集的千代田区永田町，给日本帝国的统治中枢造成了毁灭性打击。
根据事发之后第一时间进行的调查，日本的裕仁天皇、米内光政首相、全体内阁大臣、所有皇室直系成员，包括当时在皇宫破格参加御前会议的联合舰队司令长官山本五十六元帅，均在本次核爆之中死无全尸。
日本陆军省、陆军参谋本部、海军省、海军军令部、外务省、大藏省等要害机关，亦被核爆摧毁，战时大本营的绝大部分成员皆当场死亡，或是在被救出废墟不久之后死于辐射病和沙林毒气后遗症……
宪兵司令，前首相东条英机，